メリット デメリット
1位指名は抽選制（12球団平等） 候補者は希望する球団に行けるとは限らない（候補者に選択権がない）
1位指名が重複して抽選になったときのドキドキ感 候補者が意中の球団に行けないと、モチベーションが低下してしまう可能性
テレビ放送でもネット中継でも見ることができる 候補者は入団拒否すると、次のドラフト会議まで1年以上待つ必要があり、プロとして活動できる時間が短くなってしまう
2位指名はウェーバー制なので戦力均衡化に繋がる 戦力均衡化を強化するため、1位から完全ウェーバー制でやるべきとの声も
抽選や指名有無など、ドラマが生まれる 指名漏れした候補者がかわいそうに感じてしまう
育成枠ができたことで、素材型の候補者を獲得しやすくなった 育成枠で獲得された候補者には契約金が出ない
入団を決めた候補者は、契約金と年俸を得ることができる 入団を決めた候補者は、FA権取得までは自分の意思で他球団に移籍できない
昔と比べてクリーンで平等になった 以前は裏金問題や各種事件などでグレーな部分もあった

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自由にチームを選択できるようになると、人気球団と不人気球団によって選手の質に大きく偏ることがあるので、ドラフトになることで戦力に偏ることを防ぐことができるので良いと思う点です。契約金の釣り上げや条件による競争などもなくなるので、お金による戦力の囲い込みを防ぐことができるので、金の力による新人の獲得ができないのがドラフトの良い所でもあるのです。そのために同じ土俵で抽選などでできるドラフトは、どんな球団でも楽しむことができるので良い制度です。 ドラフト制度を通常の就職活動と考えたときに自分自身が就職したい企業に就職できないと言うふうに例えることもできます。自分自身の就職先がクジよって決まってしまうことが正しいのかどうかそれは非常に由々しき問題です。他のスポーツでこのようなことが起こってはならないと思います。メジャーリーグのようなドラフト制度では球団の強弱のバランスを取るためにウェイバー制度を設けていますが日本ではそれがない以上、正しいのかどうかは難しいところです。
金銭的に余裕のある親会社が所有する球団にばかり有能な選手が流れるということを防ぐという意味でドラフト制度自体にはとても賛成します。選手層に偏りができてしまえば人気もそれに従い偏ってしまうでしょうから、その平均化を求めるのであればドラフト制度は非常に良い働きをしていると感じます。スポーツを観る側のことを考えてその競技の面白さを追求するのであれば自然なことではないでしょうか。ドラフト制度がなくなってしまえばこれらのことが崩れてしまいその競技自体も廃れてしまうと思います。 選手に球団選択権がないので、入りたい球団に入れない問題が出てくるので良くないです。どうしても特定の球団に入りたい場合でも、他の球団に指名権を取られてしまった場合に入団を拒否して社会人や大学を経由して数年後に再びドラフトで指名してもらう必要があります。そのためにプロでプレーできる期間が少なくなってしまったり、好調な時期にアマチュアでプレーしなくてはいけずに良い時期を逃してしまう結果になることもあるので、選手にとって良くないと思います。
戦力の均衡化ができるのが一番良い点だと思います。かつての逆指名があった時代とは違い、今はかなりフェアに選手を指名し、各球団が交渉権を得ることが出来ています。その後の育成やスカウトの能力により1位指名であったとしても、選手の能力が開花するか、劣化してしまうかが分かれることもまた魅力のひとつだと思います。今は育成枠というのもあるので、これから伸びる可能性がある選手であってもプロで活躍するチャンスを得ることができるのもいいと思います。 観戦する側にとっては良いはずなのですが当事者である選手にとっては迷惑な制度かもしれませんね。職業選択の自由が狭められてしまうのですから職業人として選手を見た場合少し可哀相にも感じてしまいます。もっと自由になればひょっとすると選手のモチベーションも今よりも向上するのかもしれませんからある意味では選手の能力を殺してしまっている制度と言えるのかもしれません。ドラフト制度は選手にとってはファンを大切にし過ぎた傲慢なのかもしれません。
ドラフト制度によって、ある程度チーム力のバランスを保つことができます。もし制度がなければ資金力がある球団が戦力を充実させることができるので、ペナントレースが面白くなくなります。そしてドラフト会議のドラマもプロ野球の楽しみの一つです。何球団からも指名されることで話題になります。ファンの立場からも新入団選手がどの程度の力があるか分かるのも有り難いです。ドラフト制度があることでメディアに取り上げられる時間も増えるのでプロ野球全体としてもプラスに働くと思います。 自身が望んでいる球団から指名を受けることもあり、なかなか相思相愛とはいかない場合もあります。交渉権を獲得した球団が嫌だからと入団を拒否して、1年間別の場所でトレーニングして、次の年別の球団に入団したりする人もいるので、必ずともフェアだとはいないのが悪い点です。また育成枠はいい点が多いですが、大量に指名して2年ほどで見切りをつけて、契約してもらえない人が続出しているのは良くないと思います。無責任に指名するのではなく、責任をとれる範囲で指名しないとその選手の未来をつぶす結果になってしまうのが一番悪いところだと思います。
プロ野球のドラフト制度に関しては良い面の方が多いと思います。なんといってもフリーエージェント、海外の選手の移籍等に関しては資金がものを言うことになり球団の強弱の差がつきやすい状況です。せめてドラフト制度を設けることによって平等に選手を採用することができなければその格差がどんどん広がることになってしまいます。もちろんドラフト制度によって希望通りの球団に入団できなかったとしても一定期間が経てばフリーエージェント離席できるのですから問題ないと思います。 ドラフト制度の一番の欠点は希望の球団に入団できないことです。子供の頃から憧れていた球団があり、例え指名されても抽選で当たらなければ願いは叶いません。自分が入団する球団は運任せといった感じはあまり良いとは思いません。そして希望外の球団から指名され交渉権が獲得されると入団を拒否する選手もいます。拒否をすることも認められていますが、世間的にはあまり良い印象ではないようで批判する人も少なくありません。FA制度があるので何年か後に希望の球団に移籍することは可能ですが、本人の意思を尊重するという点ではドラフト制度は良くないと思います。

参考サイト
NPB公式サイト Wikipedia