メリット デメリット
誰でも無料で使える Windows用のソフトウェアはほとんど使えない
Windowsよりも軽い（性能の低いマシンでも動く） 英語と比べると日本語対応ソフトウェアは少ない
様々なオープンソースアプリを使える CUIの理解が必要となる
コマンドと動作が分かりやすい Linuxの知識を持っている人がそれほど多くない
解説サイトや書籍が充実している 運用やメンテナンスを外注する場合はコストが発生する
仮想化にも対応している WindowsやMacとは何もかもが違う
慣れればCUIのLinuxの方がWindowsより使いやすい 一般ユーザーがLinuxを選ぶ必要性がない
ネットからOSをダウンロードすることができる Linuxに挑戦して途中で諦める人も少なくない

賛成意見 反対意見
Linuxの良いと思う点は、CUI（コマンドラインユーザインタフェース）を使うことにより、ほとんどのことができる点です。

windowsなどと違ってこれを多用しなくてはならないのですが、慣れてしまうとこっちの方がスムーズに作業が出来ると思いますね。

そして、何よりほとんどのOSが無料で提供されている点が気に入っています。インターネットを通してダウンロードしてCDなどに焼くことですぐに使えますからパソコンのテスト動作にはとても使えますね。		 やはり、初期状態ではやれることが限られる点です。windowsやMacなどは最初からいろんな環境が整っていますが、LinuxのOSは環境を整えるのが検索などをして調べて導入しなければいけないので難しいです。

操作もwindowsやMacなどはGUIで操作が可能なので直感的に使うことが出来るのに対して、LinuxはCUIで使うことが基本です。

そのため、ターミナルのコマンドの使い方などを覚えなくてはならないので、初心者の人はあれこれ模索しながらやらなくてはならなくなり、時間がかかります。
Linuxの良い所は他のOSと比べて無料という点です。中には無料のものがありますが、無料のものでも自分好みにカスタマイズできるという点が良い所です。

更に、ネットサーフィンが目的に使用する方ならLinuxは最適なものと言えます。ウイルス対策もそこまで考えなくて良く、ターゲットになることも少ないです。

GUI、CUIとモードを切り替える事も可能で、通常通り使用する場合はGUI、パフォーマンスを重視するサーバーの場合はCUIと切り替えられる所も素晴らしい点だと思います。		 Linuxが良くないと思う点は、初心者にとってパソコンに関する動作や知識が無いと使いにくいというところです。

WindowsやMacなど現在のところ主要なOSだと思いますが、それらを一度でも触ったことがある方ならそれらを基準にLinuxも操作してしまいます。

その点では、初心者ユーザーを惑わせてしまってパソコンに関する興味を失ってしまう原因にもなってしまいます。

初心者でなくても他のOSを基準にキーボード操作を行ってしまうのでその点は良くないと思いますし、デフォルトで統一させるなどの工夫が欲しいです。
Linuxはフリーソフトであり、サーバーを運用する上で、クライアントのライセンスの数などを気にしないですむ点は大きな利点です。

個人で、あるいは小規模なSOHOで安価にシステムを組もうと思った場合、第一選択のOSになり得ます。他のフリーOSと比較してネット上で得られる情報も多く、扱いやすいと感じます。

管理がテキストベース、コマンドベースででき、自動化、集約化しやすくなっています。最近はGUIでのアプリケーションも充実してきて、クライアント向けにもたいていのことは無料でできるようになりました。		 日常の業務を行うクライアントとして使うにはまだ十分こなれているとはいえません。

ユーザーインターフェースをつかさどるシステムが複数存在し、それぞれに操作が統一されているわけではないので、同じ「Linux」と名前がついていても別のシステムでは使えなくなることもしばしばです。

フリーで開発されているせいか、インターフェイスは専門に研究されていないように感じます。

大きなアプリケーションでは改善されてきていますが、ちょっとした設定画面などはまだまだテキストベースで、簡単にマウスで扱えるようにはなっていないと感じます。
無料で使えるフリーのOSなので、誰でも自由にサーバーを構築できる点が素晴らしいと思います。

実際に複数のレンタルサーバー（VPS）にLinuxを入れていますが、それほど知識が無くても、ネット上の情報や専門の書籍を読みながら進めれば、それほど問題なくサーバーを構築できます。

また、既にある程度の知識を有している方であれば、CUIですぐに色々とできるという点もメリットでしょう。GUIはまだまだですので初心者の方には厳しいかと思いますが、少しずつ勉強をしながら挑戦するのも面白いはずです。		 Linuxの短所は、GUIの未熟さでしょう。一つの理由はCUIが優れていることで、CUIで十分な人にとってはGUIを発達させる必要を感じないことかと思います。

また標準のGUIというものがないことから、解説サイトなども結局設定ファイルの書き換えなどの説明になり、初心者にはやや難しく映ります。

また、周辺機器メーカーがLinux対応ドライバをリリースしてくれない場合もあり、そのような状況では苦労します。

世に出回っている周辺機器ではLinux対応ドライバも豊富にあるのですが、専門性の高い計測器などはそうでもなく、またそのような機器は高価な場合も多く、折角の資産を使うことができないというのはデメリットとなると考えます。

参考サイト
Wikipedia Linux.com