メリット デメリット
比較的安価に購入することができる 取得後も毎年更新費用がかかる
企業名や店名に由来した覚えやすいドメインを取れる ドメイン取得は早い者勝ちなので、既に無いことも多い
ホームページの信頼度が上がる 楽天やYahoo!のショップの信頼度の方が高い
レンタルサーバーを変えてもドメインは変わらない 捨てたドメインが他の人に悪用されることがある
URLだけではなくメールアドレスにも使える レンタルサーバーを借りる必要がある
SEO対策に比較的有利とされている SEO対策やPPCなどで独自に集客を図る必要がある
.comや.netや.jpなど、種類が豊富 日本語ドメインはpunycode表示になると分かりにくい
whoisの情報公開を代行してくれるサービスがある whois情報から身元が判明してしまうことがある

賛成意見 反対意見
独自ドメインの良いと思う点は、多くの方がWebサイトを立ち上げて使用している点です。メールのためだけという方もいます。

どちらにしろ、独自ドメインを用いることで、そのサイトもしくはアドレスへの信用性が高まります。

メールアドレスは、メールで同じやり取りをするにしても「○×@yahoo.co.jp」や「○×@excite.co.jp」とするより、独自ドメインの方とのやり取りの方が安心できます。

またホームページなら、「www.geocities.jp/○×/」よりも「○×.com」の方が覚えやすいです。商売ならば、看板でも屋号でも覚えやすくてインパクトのある方が有利なのは、誰しもが認めることです。
独自ドメインが良くないという点は、正直なところ見当たりません。強いていうなら、独自ドメインを取得するのに若干の手間がかかること。ドメインの取得と維持に費用が発生することです。

もし、独自ドメインを取得してWebサイトを開設して、マイブログ的な内容だとします。日々、感じた日記的な内容や忘備録のような使い方です。サイト内にはアフリエイトを置くこともせず、バナー広告も設置しない。

そのようなサイトで独自ドメインを取得しても意味がありません。あえて言うなら、自己満足だけでしょうか。

このような場合は、セキュリティやサーバーの継続性だけを求めるなら、業者提供のドメインを利用してレンタルサーバーで十分と言えます。
独自ドメインは、社名や部署名等入れられるので統一性があって良いと思います。社外の方にアドレスを教える際に説明しやすいので、便利だと思います。

FAX等でアドレスを何個も手書きする際には独自ドメインの部分をはんこを作成したり、FAX用紙に印字しておけば長々と書く手間も省けて便利です。

そして、フリーランス等で個人で独自ドメインを取る際は個性が出せて良いと思います。変わったドメインでアピールしたり、覚えてもらうのにはよい材料として使用出来ます。
独自ドメインを作成する際に、既に登録されています。と出てしまうと自分の思ったドメインを作れず残念な気持ちと次に何にしようと悩む事になってしまいます。

独自ドメインにすると、ひと言物申したい時にどこの会社の人が送ったかすぐバレてしまうので注意が必要だと思います。

私の勝手なイメージですが、独自ドメインを取るのは面倒でお金がかかるイメージがあります。無料で取得できるのもあるかもしれませんが、何となく情報漏洩しないかな。等怪しく思ってしまいます。
独自ドメインを使うメリットは、訪問者が親しみをもたれやすい点です。わかりやすいドメイン名を使えば、ドメイン名だけでどんなサイトかを連想してもらえます。

また、本格的なサイト運営をしているというイメージも伝わり、サイトの信頼性も高まります。

もし、サーバーの引っ越しをしてもドメイン名は変わらないため、新しいURLを知らせるという手間もありません。ブックマークをしている人にはリンク切れで訪問されなくなる心配もなくなります。
独自ドメインは維持費がかかります。ドメインの種類により価格は異なりますが、プロバイダのサービスと違い毎年出費がかさみます。

また、独自ドメインを取得したからにはレンタルサーバーで運用しなくてはなりません。そのためには、レンタルサーバーを契約します。

当然ながらレンタルサーバーを利用するには維持費がかかります。最近は格安のレンタルサーバーが増えてきたため大きな出費はかかりませんが、必要経費として計上しておくことを念頭に入れる必要があります。

参考サイト
お名前.com ムームードメイン